Σημείωση: Τα ΠΜΣ όπως αναφέρονται στη σελίδα https://agro.auth.gr/spoudes/metaptychiakes-spoudes/
Μετά την κατάργηση του παλαιού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών, στο Τμήμα Γεωπονίας λειτουργούν τα ακόλουθα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:
Αγροτική Οικονομία και Ανάπτυξη
Αειφορικά Γεωργικά Συστήματα και Κλιματική Αλλαγή
Γενετική Βελτίωση Φυτών και Παραγωγή Πολλαπλασιαστικού Υλικού
Διαχείριση εδαφικών, υδατικών, ενεργειακών πόρων και αγροτικού περιβάλλοντος
Επιστήμη Τροφίμων και Διατροφή
Σύγχρονη Φυτοπροστασία και Βιοτεχνολογικές Εφαρμογές
Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών: Αρχιτεκτονικής Τοπίου
Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών: Τουρισμός και Τοπική Ανάπτυξη